Als Wehrkirche wurde die Kapelle 1490 im Dorf Opperz (damals „Moprechts“) auf einer Anhöhe des „Todtenhofes“ (Friedhof) erbaut und dem hl. Erzengel Michael geweiht. Michael (hebräisch = „Wer ist wie Gott?“), der auch Patron Deutschlands ist, gilt als Wächter zwischen „Tod und Leben, Himmel und Hölle“.
Daher wurden die meisten Kirchen, die von einem Friedhof umgeben waren, unter seinen Schutz gestellt. Seine Hauptattribute sind die Waage und das Schwert, sein Gedenktag ist der 29. September. Wie meist üblich wurde der Altar an der Ostseite aufgestellt. Die Grundfläche der Kapelle hatte die Größedes heutigen Glockenturmes, dessen Grundmauern zum Teil noch aus dieser Zeit erhalten sind. Seine Mauerstärke beträgt heute zwischen 1,20 m (unten) und 0,90 m (oben). Mündlichen Überlieferungen zufolge reichte der Turm zunächst nur bis an den heute noch sichtbaren Regensims zuzüglich des Spitzhelms.
Wann die Aufstockung erfolgte, ist unbekannt. Heute beträgt seine Höhe ab Sockel 34,10 m einschließlich des 2,75 m hohen Kreuzes mit Wetterhahn.

Die Seelsorge in so ausgedehnten Pfarreien wie Flieden war äußerst schwierig, zumal durch protestantische Prediger die Reformation auf dem Vormarsch war. Deshalb errichtete der Fuldaer Fürstabt Balthasar von Dermbach (1570-1576 und 1602-1606) weitere Seelsorgstellen, um die Betreuung zu verbessen und mehr Präsenz zu zeigen.

1582 wurde Neuhof eigenständige Pfarrei und die Kapelle in Opperz zur Pfarrkirche erhoben (in einigen anderen Aufzeichnungen wird dieses Ereignis bereits auf 1560 datiert). Der neu gegründeten Pfarrgemeinde gehörten die Orte Opperz, Neustadt, Ellers, Rommerz (eigene Kapelle erst ab 1738), Dorfborn, Tiefengruben, Niederkalbach (eigene Kapelle seit 1447), Mittelkalbach (eigene Kapelle seit 1515), Veitsteinbach und Eichenried an. Ihr erster Pfarrer war Johannes Haal (bis 1603). Zur Festigung der neuen Pfarrei vereinigte der Fürstabt die Einkünfte der Michaelskapelle in Opperz mit denen der Schlosskapelle und der Marienwallfahrtskapelle in Rückers. Mit der Neuordnung der Rückerser Einkünfte nach Neuhof war der Pfarrer von Flieden als der bisher Begünstige nicht einverstanden. Um aber seinen Anspruch auf die Einkünfte zu untermauern, hielt der Neuhofer Pfarrer jeden Samstag in Rückers ein Amt mit Predigt. Darüber kam es in den folgenden Jahrhunderten zwischen Neuhof und Flieden immer wieder zu Meinungsverschiedenheiten.

Durch Anwachsen der Bevölkerung – 1620 zählte man ca. 700 Kommunikanten – war die zur Pfarrkirche erhobene Michaelskapelle zu klein geworden. Pfarrer Stephanus Biehn, der auf der ersten Synode zu Fulda am 12.04.1617 als Pfarrer von Neuhof genannt wird, begann 1619 mit dem Bau einer neuen, einschiffigen Pfarrkirche in Opperz. Der Neubau schloss sich in westlicher Richtung an die vorhandene Kapelle an, indem man das 1515 erbaute Pfarrhaus mit einbezog. Die Wohnung des Pfarrers fand über dem neuen Kirchenschiff ihren Platz. Der alte Turm wurde beibehalten, in ihm verblieb auch der Standort des Altares. Die damalige Länge entspricht der Breite des heutigen Gotteshauses. Am 22.10.1621 erfolgte die Konsekrierung zu Ehren des Erzengels Michael durch den Mainzer Weihbischof in Erfurt Christoph Weber SJ („Societas Jesu“ = Jesuitenorden).

Der Fuldaer Fürstbischof Hermann Georg von Neuhof genannt Ley (1635-1644) starb am 25. Januar 1644 im Schloss und wurde vorübergehend in der Pfarrkirche beigesetzt. Sein Nachfolger Joachim von Gravenegg (1644-1671) wurde am Tag nach seinem Tode in Neuhof zum neuen Fürstabt gewählt.
Nach dem 30jährigen Krieg (1618-1648) wuchs die Bevölkerung wieder deutlich an, so wurden z. B. am 15.04.1674 in der Pfarrei Neuhof 934 Kommunikanten gezählt.
Die vorbarocken Holzfiguren der Vierzehn Nothelfer stammen aus der alten Schlosskapelle (um 1650).
Obwohl Neuhof 1676 schon als Hauptort eines der sechs kirchlichen Distrikte (Dekanate) im Hochstift Fulda genannte wurde, ordnete man die Pfarrei 1727 dem Dekanat Großenlüder zu.
In 1686 beginnen die Kirchenbücher von Neuhof.
In 1728 verstarb der Oberamtmann Philipp Helfrich von Kroneck, dessen Grabstein sich im Turm befindet.
Da schon mehrfach ein Hilfsgeistlicher angestellt war, erhielt die Pfarrei Neuhof 1763 eine Kaplanei.

Mit der Einführung der katholischen Elementarschule in Neuhof um 1770 unter Fürstbischof Heinrich VIII. von Bibra (1759–1788) wurden erstmals auch Kirchendiener (Küster) genannt. Hierbei handelte es sich um den jeweiligen örtlichen Lehrer, der durch Dekret des Bischöflichen Vikariats zum Kirchendiener bestellt wurde. In Neuhof war der erster Lehrer und Kirchendiener Christoph Bohn (bis Juli 1804). Von wem der Küsterdienst vor ihm wahrgenommen wurde, ist nicht bekannt. Waren in der Folgezeit weitere Lehrer an der Schule tätig, dann fiel der Kirchendienst dem Erstlehrer zu. Die Trennung von Kirchen- und Schuldienst erfolgte am 01. April 1911: damit waren nicht mehr die Lehrer, sondern private Personen als Küster tätig.
In Staats- und Standeskalendern von 1796 wurden als (kirchliche) Amtsdiener für Neuhof ein Pfarrer und Dechant, Kaplan, Kooperator (für Rommerz) und Lehrer genannt.

1858 verkaufte man unter Pfarrer Hohmann die Seitenaltäre für 35,00 fl. (= Florin) nach Eichenzell, da sie für die neue Kirche viel zu klein waren. Die neuen Seitenaltäre stammten ursprünglich aus dem Ursulinen-Kloster in Fritzlar und waren bereits 1726 angefertigt worden. Als Schenkung des Klosters an die Pfarrkirche in Buttlar sollten sie eigentlich dort ihren Platz erhalten. Weil die Altäre für die Kirche in Buttlar aber zu groß waren, kamen sie 1858 für einen Fuhrlohn von 50,00 fl. von Buttlar nach Neuhof. Am 11. Oktober des gleichen Jahres wurden sie durch den hochwürdigsten Herrn Bischof Christoph Florentinus Kött (1849-1873) konsekriert. Dabei assistierten die hochwürdigen Herrn der Pfarreien des damaligen Dekanates Neuhof: Pfarrer Lomb zu Flieden, Dompräbendant Kalb zu Fulda, Pfarrer Kind zu Ulmbach, Pfarrverweser Waldner zu Herolz, Pater Leonard Malkmus zu Salmünster, Curatus Gies zu Sannerz, Cooperator Pater Anton zu Hattenhof, bischöflicher Kaplan Erb, Kaplan Paul zu Neuhof, Lokalkaplan Jaeger zu Rückers und Dechant Hohmann zu Neuhof.
Da die alten Bilder im Ursulinen-Kloster Fritzlar verblieben waren, setzte man 1861 neue Altarbilder ein, die der Würzburger Maler Peter Geist geschaffen hatte.
Der linke Seitenaltar zeigt "Mariä Himmelfahrt" und enthält Reliquien der hll. Quatuor Coronati (= vier gekrönte Märtyrer) und der hl. Lucida.
Auf dem rechten Altarbild ist Antonius von Padua kniend vor dem auf einer Wolke schwebenden Jesuskind zu sehen. Hier befinden sich Reliquien des hl. Apostels Andreas, des hl. Antonius, des hl. Bonifatius, der hl. Ursula und des hl. Felicis. Nach altem Brauch wurde hier bis um 1970 am Fest der heiligsten Dreifaltigkeit das „Dreifaltigkeit-Salz“ geweiht: die Gottesdienstbesucher stellten ihr in Gläsern, Tassen usw. mitgebrachtes Salz auf den Altartisch, wo es zu Beginn des Kindergottesdienstes geweiht wurde.

Die aus der Klosterkirche Frauenberg stammende Orgel mit 23 Registern wurde 1877 in der Michaelskirche aufgestellt und schon während des Umbaus 1909/11 wieder zurückgegeben.

Im August 1902, zur Amtszeit des Dechant Malkmus, erhielt die Pfarrkiche sechs neue Glocken. Die Firma Otto in Hemelingen bei Bremen hatte sie gegossen, gleichzeitig nahm sie die drei alten Glocken in Zahlung. Die Einbringung in den Turm erfolgte nicht vom Kirchplatz, sondern von der Südseite aus. Während die alten Glocken insgesamt 18 Zentner wogen, brachte das neue Geläut 60 Zentner auf die Waage. Die Größte alleine wog schon 32 Zentner und passte nicht durch das Schallfenster. Erst nach Entfernen des Mittelpfeilers konnte sie in den Turm hereingeholt werden. Das Hinaufziehen übernahm die obere Knabenklasse (7. und 8. Schuljahr).

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts war die Zahl der Gottesdienstbesucher trotz der oben genannten Verkleinerung der Pfarrei Neuhof sogar angestiegen: nur 70 bis 80 Jahre nach ihrer dreischiffigen Erweiterung reichte die hiesige Kirche für die Gläubigen nicht mehr aus. Pfarrer Theodor Heinrich Bermoser, der aus Eschwege kam und ab dem 01. Juni 1907 Seelsorger in Neuhof war, schrieb dazu in der Pfarrchronik: „Obwohl 1829-1831 vom damaligen Pfarrer Falkenstein erweitert, konnte sie die große Menge der Gläubigen nicht mehr fassen. Kinder und Erwachsene waren wie eine Herde dicht zusammen gedrängt. Besonders unter der Orgel herrschte ein beängstigendes Gedränge, verbunden mit Schwatzen, Summen und Brummen und allerlei Unfug.“
Im Frühjahr 1909 begann man mit den Umbauarbeiten: am Fest von Peter und Paul (29.06.1909) fand durch Dechant Bermoser die Grundsteinlegung statt, ihm assistierten die Kapläne Rippert und Pfeiffer. Wie schon 1829 erfolgte auch diese Erweiterung wieder in südlicher Richtung. Dabei wurde die vordere Wand an der Altarseite abgerissen, die beiden Seitenschiffe um ca. 5 m und das Mittelschiff um 11 m verlängert und durch einen Chor (= erhöhter Altarraum mit Hauptaltar) und Apsis (= halbrunde oder mehreckige Altarnische) abgeschlossen. Auch hier wurden Rundbogenfenster eingebaut, die den hl. Bonifatius (links) bzw. den Erzengel Michael (rechts des Hochaltares) zeigten.

Eine würdige wie auch geschmackvolle Ausstattung des Gotteshauses stellen die im Hauptschiff an den Pfeilern angebrachten Apostelstatuen dar. Sie konnten auch über die Firma Schnitzer erworben werden und sollen ursprünglich aus einer oberbayrischen Kirche stammen.
Zum Abschluss der Erweiterung wurde die Orgel von 1877 durch ein neues Instrument ersetzt.
Beim Umbau wurde die Flachdecke über dem Hauptschiff durch ein Tonnengewölbe mit Gurtbögen und Stichkappen (= Fensternischen) und das Ziegel- durch ein Schieferdach ersetzt.

Gleichzeitig erhielt auch die Eingangsseite an der nördlichen Wand eine neue Fassade, indem sie mit einem Giebel versehen und dem neuen Dach angeglichen wurde. Als Abschluss wurde oben auf dem First ein Kreuz angebracht. Im neuen Giebelteil befindet sich über dem Hauptportal die Statue des Erzengels Michael, des Kirchenpatrons.
Eine Belebung der Portalseite brachten im unteren Bereich neben dem Haupteingang zwei neue Seiteneingänge. Dazwischen befindet sich beiderseits jeweils eine Rundbogennische mit den Sandsteinfiguren des hl. Bonifatius (als Bischof mit Buch und Dolch) und des hl. Sturmius (als Abt mit Mitra und Bauplan). Über dem Haupteingang sind die Worte „EHRFURCHT MEINEM HAUSE“ zu lesen.
An den inneren Außenwänden der beiden Seitenschiffe befinden sich zwischen den Fenstern die 14 Kreuz-wegstationen (Steingußtafeln im neobarocken Stil um 1900 hergestellt).

Die Konsekration erfolgte am 15. Juli 1911 durch Bischof Dr. Josef Damian Schmitt (1907-1939) aus Fulda. Den Feierlichkeiten wohnte auch Ihre Königliche Hoheit Landgräfin Anna von Hessen, nebst Kammerherr von Bothmar und Hofdame FrI. von Bertram bei. Am Tage zuvor hatte der Hochwürdige Herr Bischof schon die neu erbaute Kirche in Niederkalbach eingeweiht.
Um auch während des Umbaues das hl. Messopfer feiern zu können, hatte man den Saal des Gastwirtes Fridolin Möller („Gasse"), heute Schmitt, entsprechend kirchlich - mit einem Altar auf der Bühne - hergerichtet. Sein Fassungsvermögen war aber begrenzt und reichte nur für die Gottesdienstbesucher an den Werktagen; an den Sonn- und Feiertagen musste die hl. Messe trotz allem in der Kirche stattfinden. Folglich zog man an jedem Samstag- und Sonntagnachmittag mit allen Utemsilien um, die für den Gottesdienst erforderlich waren: wie Harmonium, Messgewänder, Kelch, Monstranz usw. Oft musste man die Kirche erst noch vom Bauschutt und Dreck der Woche reinigen, weil die Bauarbeiter nur teilweise oder auch gar nicht aufgeräumt hatten.

Die Empore, wie wir sie heute kennen, wurde um 1950 umgebaut und erweitert. Bis dahin stand der Spieltisch der Orgel in der Mitte der Empore direkt vor den Orgelpfeifen, so dass davor nur ein schmaler Durchgang blieb. Der für Chöre nutzbare Bereich war zweigeteilt und stellte alle Sänger vor räumliche bzw. akustische Probleme. Auf Anregung der Chorvereinigung Cäcilia verlängerte man die Orgelbühne seitlich um ein Joch nach vorne und richtete in der Mitte eine halbrunde Ausbuchtung mit zweistufigem Dirigentenpodium ein.

1962 erhielt die Michaelskirche eine neue Orgel mit 25 Registern, dabei verlegte man den Spieltisch von der Mitte der Empore an die linke Seite.