Das Unerwartetste und Kostbarste dieser Kirche ist der Flügelaltar. Der mittlere ursprüngliche Teil, ein spätmittelalterliches Holzrelief (um 1410), stellt im Zentrum die Kreuzigung Christi dar. Er stammt noch aus der Ratgar-Basilika, der Vorgängerkirche des Doms zu Fulda. In der Mitte Jesus, der Gekreuzigte, angenagelt, rechts und links daneben an kreuzähnlichen Balken festgebunden die beiden Verbrecher, die zusammen mit Jesus hingerichtet werden.

Unter der Kreuzigungsgruppe haben sich verschiedene Menschengruppen versammelt:

Römische Soldaten: Von links reitet einer auf Jesus zu, um ihm den auf einer Lanze aufgesteckten essiggetränkten Schwamm zum Trinken anzubieten. Von rechts kommt ein anderer zu Pferd, seine Lanze soll das Herz Jesu durchbohren. Rechts würfeln Soldaten um das Untergewand Jesu. Im Vordergrund sind die, die Jesus auf seinem Weg begleitet haben: u.a.: Maria, die Mutter Jesu; Maria von Magdala; der Lieblingsjünger Johannes und Simon von Cyrene. Jede dieser Figuren zeigt sein persönliches Verhältnis zu Christus angesichts des Geschehens: Trauer, Mitleid, Ehrfurcht, Hingabe, Spott, Verachtung, Eigennutz, Gleichgültigkeit, Ablehnung. Der Künstler überlässt es dem Betachter, mit welcher Begleitfigur er sich identifiziert, um das liebende Tun Christi mitzuerleben.

Rechts und links neben dem Mittelteil befinden sich Holzplastiken (um 1500): Dargestellt sind Menschen, die Christus als das Wichtigste ihres Lebens bekannt haben:

links: Hl. Martin, Bischof und Hl. Antonius, Mönch u. Einsiedler in Ägypten.

rechts: Hl. Apostel Jakobus d. Ältere als Pilger und Hl. Sebastian, Märtyrer.

Über der Kreuzigungsgruppe als oberste Figur des Flügelaltars hält ein Engel ein Spruchband mit einem der letzten Worte Jesu am Kreuz: Lateinisch lautet der Text: "Consummata est", d.i. auf deutsch: "Es ist vollbracht" (vgl. Joh 19,30).

Im Unterbau befindet sich der Tabernakel, rechts und links daneben zwei Holzplastiken mit Szenen aus dem Alten Testament. Links die Opferung des Isaak; rechts: Der Priester Melchisedech bringt Brot und Wein auf dem Altar dar und segnet Abraham.

Die beiden Seitenflügel wurden wahrscheinlich 1910 angefügt. sie sind von E. Böhler aus Würzburg gemalt. Die Vorderseite zeigt Szenen aus der Leidensgeschichte:

links oben: Jesus betet im Garten Gesemani

links unten: Jesus wird gegeißelt

rechts oben: Jesus wird die Dornenkrone aufgedrückt

rechts unten: Jesus trägt das Kreuz

Die geschlossenen Flügel zeigen:

links: der Engel verkündet Maria, sie werde ein Kind empfangen. Maria ist einverstanden.

rechts: Maria kommt zu ihrer Verwandten Elisabeth und singt das Magnifikat.